A mandalák tekintetében a gyógyítás és az élet, az életmód megváltoztatására irányuló energiaáramoltatás mondhatni egybefüggő fogalom, így nem véletlen, hogy a csakrák, a csakrákra való hatás is nagy szerepet kap a mandalák esetében.

Egy mandala így képes arra, hogy csakráinkon keresztül gyógyítson meg minket, illetve orvosolja a csakrához kapcsolódó szervek betegségeit. A csakra szó szanszkrit eredetű, korongot jelent, és az emberi étertestben összesen hét fő csakrát különböztethetünk meg egymástól, amelyek összeköttetésben vannak egymással.

A különféle csakrákban hullámzik a prána, avagy az energia, amelyeket mandalák segítségével pozitív irányban befolyásolhatunk, ergo gyógyíthatunk, ehhez azonban ismerni kell az egyes csakrákat, illetve azt is, hogy mihez kapcsolódnak, mi a szerepük az emberben.

A legfontosabb a központi csakraként is emlegetett koronacsakra, vagy fejtetőcsakra, avagy szanszkrit nyelven szashaszrara, ami a fejünk tetején található, és többnyire az érzelmekre, a lelki problémákra, és a test minden problémájának orvoslására felhasználható közvetett formában.

A hinduk szerint az embere a koronacsakrán keresztül képes egyesülni a felsőbb erőkkel. A következő a homlokcsakra, amit egyfajta harmadik szemként is emleget a hinduizmus. Szanszkrit neve az adzsna, a mandalán pedig a liláskék és mélykék árnyalatok jelképezik. A csakra a két szemöldök között, a homlokon helyezkedik el, és a megérzést, az intuíciót jelképezi.

Ezt követő sorban a torokcsakra, amit mandalákon világoskék színnel jelölhetünk és stimulálhatunk. Szanszkrit neve a vissudha, és a beszéd, az önkifejezés képességét erősíthetjük vele. Mivel a toroknál található, az ide kapcsolódó betegségek gyógyíthatók általa.

A testen lefelé haladva a szívcsakra következik, avagy az anahata, ami a mellkas közepén, a szív tájékán található. A mandalán a zöld és a halvány rózsaszín fejezi ki és stimulálja a leginkább, miközben az odaadást, a részvétet, a szeretetet és a gyógyítást szimbolizálja. A következő a napfonatcsakra, a manipura, ami a köldöknél található, sárga színnel jelezzük a mandalán, és az erőre, a hatalomra, a karrierre és az önkifejezésre van hatással.

Az utolsó előtti a szexcsakra, avagy a szvadhiszthana, ami a köldök és a nemi szerv között helyezkedik el, és a szexualitás, valamint az érzelmek mellett a kreativitásra is hatással van. Színe a narancssárga. Az utolsó a sorban a gyökércsakra, amit piros színnel jelölünk a mandalán. A gerinc legalján találjuk, a farcsontnál. Szanszkrit neve a muladhara, és a fizikai erőnlét mellett az ösztönszerűséget és a túlélést jelképezi.